朱砂有毒，过量服用会导致肝、肾功能受损并损害中枢神经系统；引起重金属中毒及腹部疼痛；且朱砂有致畸性，孕妇严禁服用。

1、朱砂为汞的化合物，汞与蛋白质中的疏基有特别的亲合力，高浓度时，可抑制多种酶。进入体内的汞，主要分布在肝肾，可引起肝肾损害，并可透过血脑屏障，直接损害中枢神经系统。

2、朱砂的成分主要是硫化汞，长期服用朱砂可以导致慢性汞中毒，由于长期在胃部积累，可导致腹痛。

3、朱砂会侵害到胎儿的脑神经以及肝脏、肾脏、心脏等，会引起胎儿的畸形，严重者可能造成流产。